不朽情缘
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lncRNA测序—研究lncRNA的差异表达如何影响生物学过程
长链非编码RNA（long noncoding RNA, lncRNA）是一类长度超过200 nt的长链非编码RNA，通过与DNA、RNA或蛋白质结合，在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。lncRNA测序针对有参考基因组样本开展准确的lncRNA鉴定和lncRNA靶基因预测，同时提供针对测序数据中mRNA的分析，结果更全面，广泛应用于医学、农学研究领域。
应用方向
lncRNA测序适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。-
动物
人、小鼠、斑马鱼等胚胎发育、性腺发育、肌肉发育和免疫调控生命过程研究。 -
植物
植物逆境响应、器官发育、生殖生长和病毒侵染等研究。 -
癌症疾病
肿瘤、精神疾病、代谢病、心血管病、免疫病等疾病发生与诊治研究。
不朽情缘优势
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1. 周期快、质量好，稳定性高
不朽情缘lncRNA测序采用先进的国内外平台测序，并与高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）结合，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。交付周期<45天。 -
2. 方案设计专业，质控严格
不朽情缘lncRNA测序采用去核糖体链特异性建库方式，能够满足同时对lncRNA和mRNA的差异表达水平的分析以及lncRNA靶基因预测。从材料选取，建库测序，到数据分析，每一步都经过科学、缜密的设计， 以保障高质量研究成果。材料选取
RNA样本
≥1ug 文库构建
链特异性文库 PE150测序
信息分析
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3. 项目文章以及物种经验丰富
不朽情缘已经成功完成对人、大小鼠、猴、猪、羊、果蝇、家蚕、沙棘、线虫、拟南芥、水稻、小麦、玉米、棉花等等近百个物种进行非编码RNA测序分析，助力客户在Nature communications、Genome biology、 Science Advance等权威杂志发表多篇高水平文章。80人
分析团队7年
项目经验2000+
结题项目1对1
项目服务
信息分析
不朽情缘lncRNA测序项目，标准分析流程：主要包括质控，比对，拼接，筛选，定量，差异lncRNA分析，差异mRNA分析，lncRNA靶向mRNA预测，功能富集等环节。该分析的核心是基因表达差异的显著性， 比较两个或多个条件下的基因表达差异（例如，处理与对照），从中找出与条件相关的差异基因，进一步分析这些差异基因的生物学意义。
关联分析
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1.LncRNA与mRNA关联分析
- LncRNA通过co-location或co-expression调控靶基因的表达。针对lncRNA与mRNA的关联分析，不朽情缘采用对差异表达lncRNA的靶基因与差异表达的mRNA进行交集分析方法，当样本间差异表达的lncRNA的 靶基因同时也是显著差异表达的mRNA时，该差异mRNA受到lncRNA直接或间接调控作用的可能性更大。（样品数 < 5时，选取co-location作用的靶基因与差异表达的mRNA进行分析。样品数 ≥5 时，则选取 co-location和co-expression作用的靶基因并集与差异表达的mRNA进行分析）
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2.lncRNA与miRNA关联分析
- 当lncRNA上带有miRNA结合位点时，miRNA可与lncRNA结合影响lncRNA的功能。同时，根据ceRNA理论，miRNA可以通过RISC与lncRNA结合，指导lncRNA的降解。miRNA的靶向lncRNA预测分析，可通过生信分析 软件预测差异表达的miRNA的靶向lncRNA。
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3.lncRNA、miRNA与mRNA关联分析
- LncRNA具有miRNA结合位点，lncRNA通过与mRNA竞争性结合miRNA，抑制miRNA对靶基因的调控作用，从而间接地调控基因表达。基于ceRNA理论，筛选拥有相同miRNA结合位点的lncRNA-靶基因对，构建以 lncRNA为decoy、miRNA为核心、mRNA为靶标的lncRNA–miRNA-mRNA调控关系，构建ceRNA调控网络。
送样建议
| 样品类型 | 送样建议 | 备注 |
|---|---|---|
新鲜动物组织干重 |
内脏组织、脑组织≥0.2g，脂肪、皮肤、骨头、血管等 |
核酸不丰富部位， 例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议酌情增加送样量 |
新鲜植物组织干重 | 叶片、花≥0.2g，根、茎、种子等其他组织≥0.7 g | 成熟部位，例如植物茎、根、种子等部位建议酌情增加送样量 |
新鲜培养细胞 | ≥5*106?个 | |
新采集的全血（液氮速冻) | ≥3ml | 血液样本送样前加入EDTA抗凝管，推荐使用BD管送样 |
BD采血管 | ≥2管 | |
Total RNA建库起始量 |
总量：≥1ug |
浓度：≥50ng/uL；体积：20uL ≤ V ≤120uL |
常见问题
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1.哪些物种可以研究lncRNA测序?
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要做lncRNA测序分析，对物种有以下要求：
a. 物种为真核生物；
b. 物种具有参考基因组，至少拼接到scaffold水平；
c. 具有较为完整的注释。
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要做lncRNA测序分析，对物种有以下要求：
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2.lncRNA 是否可以与蛋白质组的数量进行关联分析 ？
- 可以，关联分析的思路类似于 lncRNA 和 mRNA 的关联分析，蛋白质组差异表达蛋白和差异表达 LncRNA 靶基因编码蛋白交集分析（聚类，功能富集）
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