三代宏基因组测序-不朽情缘-DNA测序分析

宏基因组测序（三代）

三代宏基因组测序—超长读长，更真实地还原菌群及其功能组成

三代宏基因组测序摆脱了二代读长短的限制，基于PacBio的超长读长，能轻松覆盖基因间区或基因特异性区域，更真实反馈菌群的复杂组成。除此之外，新三代测序技术-Nanopore 平台，除了具有超长的读长之外，还以其更低的测序成本深受到研究者的关注，已成为宏基因组测序分析新的热点。

应用方向

新物种挖掘
功能基因挖掘
临床快速诊断

不朽情缘优势

1.组装更佳，注释更精确
目前不朽情缘三代宏基因组研究配备先进的PacBio、Nanopore测序平台，结合样品特点和数据的产出，选取最优组装效果，可以组装出更多binning甚至可以达到单菌级别，充分挖掘环境样品中的微生物菌群和功能基因。已广泛应用于临床、生态环境、农业等研究中。
2.周期短，质量好
不朽情缘高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合，实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展，高性能计算平台将会持续更新并扩容，以保证高效的数据处理和安全的数据存储。
项目周期 35天
- 20,280个
  物理核数
- 1,727 ^{T flops}
  计算峰值速度
- 400 ^TB
  总内存
- 58.6PB
  总储存
3.科学方案设计
不朽情缘从材料选取，建库测序，到数据分析，每一步都需要科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。

材料选取

DNA样品≥5μg

文库构建

上机测序

信息分析

信息分析

不朽情缘以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象，直接提取环境样本DNA，采用超长三代测序技术，更精准获得环境微生物基因信息总和。

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

样本类型	建议送样量	最低送样量
土壤/污泥/沉积物/腐殖质	6g	2g
水体滤膜（孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm）	6张	2张
空气滤膜（直径种类多，与采样器搭配，有明显颜色沉淀在滤膜上）	6张	2张
拭子	10-20 个	6个
瘤胃液／发酵液／组织液／冲洗液（离心有明显沉淀）	6-10mL，沉淀2g	2mL，沉淀1g
粪便/肠道内容物	5g	2g
动物/人组织	2g	1g
牛奶／酸奶	100mL／100g	20mL／10g
食糜	4g	2g
食品表面拭子	20个	10个

常见问题

1.三代宏基因组有什么优势？
- 相比较二代产品而言，三代 Meta 是合作项目的文章亮点，将是研究微生物群落的趋势，有如下优势。
  （1）能提高不能分离培养的微生物基因组的组装完整度，基因组可达到完成图水平；
  （2）提高注释的准确度和分辨率，注释到更多低丰度物种；
  （3）对多样性研究有更深度的功能发掘，例如比较基因组分析，基因簇和病毒信息等。

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