全基因组de novo测序(二代／三代)-不朽情缘-Nanopore辅助组装注释Pacbio sequel II

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完美基因组（T2T基因组）

完美基因组—抵达探索生物奥秘的终点

T2T（Telomere-to-telomere）基因组：是指组装的无gap的端粒到端粒的基因组（在rDNA区域、性染色体、着丝粒中可能允许少量gaps）；具有非常高的Q值（准确性）和BUSCO值（完整性）；在原始数据与组装之间具有最小的结构性错误。

1.策略推荐
60X HiFi + 100X Ultra-long ONT（N50 > 100K）+ 50X 二代 + 100X Hic
（1）60X HiFi数据使用Hifiasm进行组装，得到HiFi contig，较常规组装（30X）深度更高，可得到完整性、连续性更高的contig骨架基因组，同时还可为单体型-T2T提供深度支持，进行单体型-T2T组装；
（2）100X Ultra-long ONT（N50 > 100K）数据使用Nextdenovo进行组装，并使用50X Illumina数据进行纠错，得到ONT contig，使用Ultra-long ONT组装目的是得到片段超长的contig基因组；
（3）100X Hic数据经Hicup质控，对Hifi contig及ONT contig两版基因组进行Allhic挂载得到基因组染色体版本；
以HiFi 染色体级别基因组作为Reference，将Ultra-long ONT染色体级别基因组与其进行相互Merge，最终得到T2T级别基因组。
2.T2T基因组质量评估
T2T基因组组装完成后，需要进行以下评估内容：
1）基因组评估：包含BUSCO评估（>95%）、序列一致性评估(>98%)、QV评估（>45）等。
2）与该物种发表最佳版本基因组进行共线性评估：Mummer。
3）着丝粒、端粒鉴定：对着丝粒、端粒进行预测，若研究较成熟物种（序列已知），将其与基因组直接比对查验。例如：人类端粒（TTAGGG）、拟南芥端粒（TTTAGGG）。
4）着丝粒也可使用Chip-seq、FISH等实验进行验证。
5）填补Gap区域可使用PCR实验进行验证。
不朽情缘端粒、着丝粒鉴定及已发表基因组比对
3.适用物种推荐
动物：哺乳动物、淡水鱼类（详细评估）。
植物：1G以内常规物种，及玉米、大豆、拟南芥等。
特殊物种：部分异源多倍体可承诺（仅限棉花、油菜等）。
4.应用方向