MeRIP-seq-经典案例-不朽情缘

不朽情缘

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RNA甲基化（MeRIP-seq）

案例一去甲基化酶ALKBH5通过PKMYT1 m6A修饰抑制胃癌侵袭

期刊以及IF： Molecular Cancer；41.44
合作单位：陆军军医大学
研究材料：GC/邻近正常组织
测序产品：Merip-seq、转录组、RIP-seq
关注重点：ALKBH5去甲基化酶、PKMYT1下游靶标
研究意义：构建ALKBH5-PKMYT1-IGF2BP3调控系统，提供GC转移治疗新靶点

一、研究思路

二、研究结论

2.1 MeRIP-seq：m6A修饰的基因与GC细胞粘附有很强的相关性
m6A信号主要出现在mRNA转录本的终止密码子和3'UTR附近（Peak在mRNA转录本功能区域上的分布）
m6A修饰集中在GGACU基序上 （Motif分析）
大多数在GC组织中表现出较高水平的m6A修饰 （差异分析）
GO分析表明这些基因主要富集在细胞-细胞粘附和上皮细胞迁移中 （功能富集分析） 基因的mRNA水平也明显高于邻近正常组织 （MeRIP-seq与mRNA关联分析）
2.2 关键RNA甲基化酶确定- ALKBH5
TCGA数据库+GEO数据库定位与GC迁移相关的RNA甲基化酶以及蛋白表达量；
结合mRNA数据；定位关键去甲基化转移酶ALKBH5；
2.3 ALKBH5下游靶基因确定- PKMYT1
MeRIP-seq+RNA-seq结果，根据已发表文献确定于GC侵袭与转移相关的靶基因PKMYT1；
MeRIP-qRT-PCR和mRNA水平验证ALKBH5过表达或被干扰时，只有PKMYT1表现出稳定的改变；
RIP和RNA下拉实验验证ALKBH5与PKMYT1是可以结合的；

案例二 YTHDF1依赖m6A调控转录本翻译激活肠道免疫应答

期刊以及IF： Nucleic Acids Res；16.97
合作单位：浙江大学动科学院汪以真团队
研究材料：猪肠上皮细胞系IPEC-J2、Ythdf1、Ddx60基因敲低细胞系，人肠上皮细胞系Caco-2
样本处理：产肠毒素大肠杆菌K88 (ETEC) 感染、LPS刺激
测序产品：Merip-seq、Ribo-seq、RNA-seq
结论：甲基化阅读蛋白——YTHDF1以m6A依赖的方式调节靶基因Traf6转录本的翻译效率，进而激活NF-κB信号通路，达到调控肠道上皮细胞免疫应答反应的机制

一、研究思路

二、研究结论

2.1 YTHDF1依赖m6A调控转录本翻译激活肠道免疫应答
Merip-seq：感染后肠上皮细胞m6A修饰水平显著升高。
Ribo-seq：敲除YTHDF1后的感染细胞翻译效率降低，主要集中Traf6转录本，且存在m6A修饰。
总结【RNA甲基化研究思路】