不朽情缘
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常见问题
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Q
1. 三代测序准确率如何?？
三代测序的碱基错误率是随机产生的，通过增加测序深度，能够迅速提升准确性（一般覆盖到10X以上，正确率可以达到99.9%）；无测序偏好性：可以最大程度上还原基因实际情况；三代reads平均读长为12kb，可以比较均匀的覆盖参考基因组，明确比对到相应区域，避免假阳性的同时，得到更加准确的变异位点和类型。
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Q
2. 三代测序应用有哪些？
提升复杂基因组组装指标
直接获得全长转录组信息
直接读取原始数据中DNA甲基化修饰信息
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Q
3. Pacbio 平台的产出情况如何？
目前最新的 Pac bio Sequel Ⅱ 平台 CLR 模式单张芯片产出在 100-150 G 之间, CCS 模式产出大概在 250-300 G 之间，具体的产出与文库质量、文库大小相关。一般 de novo 项目文库类型为 CLR-20K、CLR40K、CCS-15K , CLR 模式平均读长在 10-20k , subreads N50长度在20-30K 之间 。CSS模式平均读长在10-15K，subreads N50长度在10-15K之间 。
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Q
4. CLR 和 CCS 的区别在哪？
CLR的插入片段长，对文库的测序 < 2 passes (从接头读到接头)，这样的 reads 测序错误率等同于原始的测序错误率， 主要用于基因组 de novo 时的大片段文库测序，一般插入片段大小>15K；CCS的插入片段短，对文库的测序 ≥ 2 passes，将相同的 subreads整合后产生的 CCS reads 准确率会有显著的提升，可用于全长转录组、全长16s、变异检测等较小片段文库测序，一般插入片段大小在 10k左右。
- Q
5. Nanopore 平台的产出情况如何？
目前 PromethION 平台单张芯片普通文库产出能稳定在 60G，最高可到 100G 以上。一般 de novo 项目文库下机数据的平均读长在 15-20K，read length N50 在 30-40K。对于 Ultra-long reads 文库，其平均读长可达到30-40K，read length N50 更能达到 50K 以上，产出大概在 40G 左右。
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